Geograficamente la val Pusteria si trova nella parte occidentale del Filone Periadriatico, che separa le Alpi calcaree meridionali da quelle centrali (e anche la maggior parte del calcare alpino dallo gneiss ed ardesia delle vette della sezione centrale). Metà della valle scende verso ovest nel bacino dell’Adriatico (attraverso l’Isarco e quindi l’Adige) e l’altra metà scende verso il bacino del Mar Nero (attraverso il Danubio). Lo spartiacque si trova nel fondovalle, al valico della Sella di Dobbiaco. La Rienza scorre nella Pusteria Occidentale (nota anche come Valle verde), mentre nella parte orientale (detta anche Hochpustertal), divisa tra Italia e Austria, scorre la Drava.
I confini politici della Val Pusteria non coincidono però con quelli geografici, il confine di Stato, infatti, dopo la fine della Prima guerra mondiale del 1918, non è posto sulla linea di displuvio o spartiacque (sella di Dobbiaco) ma, per ragioni strettamente militari fu fissato 6 chilometri più a est, ad una quota inferiore, precisamente in località Prato alla Drava. La Val Pusteria è quindi politicamente suddivisa tra due stati: l’Italia e l’Austria. L’elenco riportato sotto si riferisce alle diverse biocenosi che caratterizzano il territorio circostante e che fungono da ambientazione delle attività proposte nel corso dei soggiorni al centro SEA.